La Soprintendenza Archivistica per la Puglia è stata istituita con il Decreto del Presidente della Repubblica del 30 settembre 1963 n.1409 con il compito di esercitare la vigilanza e la tutela sugli archivi degli enti non statali e sugli archivi privati dichiarati di notevole interesse storico esistenti sul territorio pugliese.

Il 29 Gennaio 1964 venne inviata dal Soprintendente Salvatore Carbone la prima circolare a tutti i comuni della Regione per notificare l'istituzione della "Sovrintendenza per le Puglie" , con sede a Bari in via Cattaro 60.

La nuova organizzazione regionale delle Soprintendenze archivistiche, in luogo di quelle già esistenti e corrispondenti per circoscrizione ai territori dei vecchi stati preunitari (quella di Napoli abbracciava la Calabria, la Lucania, le Puglie, la Campania, l'Abruzzo e il Molise ed era perciò troppo estesa) aveva lo scopo di rendere più agevoli e proficui i rapporti con gli enti e i privati sia per offrire una collaborazione per risolvere i problemi di conservazione e di buon ordinamento degli Archivi sia per promuovere le attività di inventariazione ed utilizzazione ai fini storiografici del materiale documentario conservato.

Nel corso degli anni l'ampliamento dell'attività di tutela e vigilanza e l'aumento del numero del personale ha reso necessario il trasferimento della sede della Soprintendenza in una struttura più adeguata.

Attualmente la sede dell'ufficio è ubicata nel centro storico di Bari in Palazzo Sagges.